Keräsin tämmöisen pienen sienen 04.09.2022 Pieksämäen Ankelen kalkkilouhokselta lehtokuviolta.
En keksi mikä se voisi olla. Laitoin sen nyt sekvensoitavaksi, sekvenssi onnistu oikein hyvin mutta tietokannoista ei löydy mitään, ei edes lähisukulaisia. Lähimmät osumat ovat 4% päässä olevaan savumalikkaan.
Missähän päin taksonomiaa tämmöinen voisi luurata?
Kokeilitko jo tehdä sukupuuta? Atractosporocybe-suvussa näyttää olevan kolme lajia, kuvassa näkyvien inornatan ja polariksen lisäksi hyvin vähän tunnettu gackstatteriana, josta ei ole sekvenssejäkään. Veikkaisin että on joku kuvaamaton Atractosporocybe. Sukupuuhun kannattaa ottaa myös lähisukuja kuten Leucocybe, Hypsizygus ja muistaakseni myös Clitocybe vibecina menee tähän lähelle vaikka onkin vielä Clitocybe.
Lisäys tuntia myöhemmin: tuli vielä mieleen sellainen ajatus, että tuo vain 95% vastaavuus saattaa johtua jollain tavalla vain sekvensointimetodologiasta tai itse näytteen sekavasta perimästä. Voiko myös nanophore-menetelmässä olla mahdollista, että se tuottaa sellaisen konsensusfastan joka on samalla tavalla suttuinen kuin ne tuplapiikkiset kellukuvat? Ainakin yksi sellainen tapaus meni blastatessa nimenomaan niin että lähimmät blastausvastaavuudet olivat 95 % päässä, ja niinkin hyvään tulokseen pääsi kun otti sekvenssejä kahdesta suunnasta ja yhdisteli sekvenssisarjoja. Jos tämä teoria on oikea, niin silloinhan tuon varmaan voisi hyvällä omallatunnolla detata savumalikaksi.
Kiitos Mikko, tällä on siisti fasta eikä raakadatassa ollut sotkevaa sisäistä variaatiota. Joku clitocyboidi tämä varmaan kyllä on.
Foorumi on osaksi toteutettu VieKas LIFE -hankkeen osana (Finvasive LIFE, LIFE17 NAT/FI/000528). Viekas on haitallisten vieraslajien kartoitukseen, torjuntaan ja tietoisuuden kasvattamiseen keskittyvä hanke, joka on osittain rahoitettu EU Life-ympäristöohjelman tuella. Life on Euroopan unionin rahoitusjärjestelmä, jonka tarkoituksena on kehittää yhteistä ympäristöpolitiikkaa ja lainsäädäntöä tukemalla luonnonsuojelu- ja ympäristöhankkeita eri puolilla Eurooppaa.
