Kokoelmanäytteet laji.fi:ssä

Lajitietokeskus Laji.fi -foorumi
1

Hei!
Haimme Heini Rämän (TROM) kanssa havaintoja nimillä Mytilostoma subcompressum ja Lophiostoma curtum sekä Kotkasta että laji.fi:stä. Kyseiset nimet viittaavat samaan taksoniin (MX.238252), jonka hyväksytty nimi on Lophiostoma curtum. Kotkasta löytyy nimellä M. subcompressum kuusi näytettä (tyyppinäytteitä) ja L. curtum kolme näytettä (yksi tyyppinäyte). Laji.fi:ssä haku tuottaa molemmilla nimillä samat kolme havaintoa, joista kaksi on museonäytteitä. Miksi kaikki Kotkassa olevat näytteet eivät näy laji.fi:n puolella. Miksi Kotkassa ei toimi synonymiikka kuten laji.fi:ssä?

Lisäksi nimellä Lophiostoma myriocarpum löytyy yksi näyte. Tämä synonyymi puuttuu taksonieditorista, eikä ko. näyte siksi tule edellä kuvattuun hakuun mukaan. Millä aikataululla taksonieditoriin ollaan tuomassa lisää synonymiikkaa? Eikö tässä pitäisi tehdä pohjoismaista yhteistyötä? Norjassa synonymiikkaa ylläpitää Artsdatabanken.

Itse en tiedä sienistä paljoakaan, mutta samanlaisia tilanteita on tullut vastaa myös sammalten kanssa ja kiinnostaisi tietää, millä periaatteilla Kotkaan syötettyjä tietoja näytetään laji.fi:n puolella.

2

Curtum-tapaus: kyllä nuo kaikki laji.fi puolella näkyvät. Tuskin synonymiikka toimii eri tavalla (en ainakaan pääse sellaiseen kiinni).

Helsingin 6 näytettä löytyy, kun hakee merkkijonolla “Platystomum subcompressum”. Synonymiikan puuttumisesta siis näyttäisi olevan kysymys.

Helsingin 1 näyte löytyy nimen “Hysterium curtum” alta (HA.H6052579). Mutta mahtaako olla kyse samasta lajista - tätä en pysty päättelemään.

Määritykset em. nimillä on herbaariopuolella preferoitu (siis oikeastaan annotoitu: “yes”). Joten ehkä on niin, että vain noilla (+synonyymeillä) mennään laji.fi:ssä.

En ainakaan hoksannut laji.fi-hakuehdoista sellaista täppää, josta nuo herbaariopuolen muut (“not accepted”) nimet saisi mukaan listalle. Tässä tapauksessa - sattumoisin - täppä olisi tiedon kaivamista auttanut, koska nimi Lophiostoma curtum on jokaiselle em. näytteelle kirjattu.

Toki synonymiikan olemassaolo olisi se oleellinen asia.

3

Mika on oikeilla jäljillä:

  • Kotkan haku ei tällä hetkellä osaa hakea synonyymeilla
  • Kotka osaa hakea vaihtoehtoisilla määrityksillä
  • Laji.fi haku osaa hakea synonyymeilla
  • Laji.fi ei tällä hetkellä lataa Kotkasta ollenkaan vaihtoehtoisia määrityksiä, ainoastaan “preferred” (tai uusin)

Kotkaan viritellään jossakin vaiheessa synonyymihaku samalla logiikalla kuin laji.fi :ssä.

Laji.fi :iin tuodaan jossakin vaiheessa kaikki määritykset ainakin nähtäville - niillä hakeminen on hiukan vaikeampi juttu, eli vaatisi jonkinlaisen uuden hakumoodin: “Hae kaikilla määrityksillä”, joka hakeaa millä tahanssa nimellä, joka koskaan on lähdejärjestelmässä tai laji.fi :n laadunvalvojien toimesta ehdotettu näytteelle/havainnolle… Nyt on vain kaksi moodia: hae voimassa olevalla määrityksellä (oletus) ja hae alkuperäisesti ilmoitetulla nimellä (joka jättää laadunvalvonnan seurauksena tapahtuneet määrityksen muutokset huomiotta).

2 Likes
4

Hei!

Kotkasta pystyy itse asiassa jo hakemaan synonyymeillä, vähän vain eri lailla kuin laji.fi:ssä. Kotkan haussa on hakukenttänä Synonyms, johon haun voi kohdistaa Taxon-kentän lisäksi. Helpoiten haun saa tehtyä käyttäen Query builder -lomakkeen ylintä taxon-kenttään, jolloin Kotka hakee siihen syötettyä hakuehtoa kolmesta eri kentästä (taxon-kenttään kirjattu tieto, taxa-kenttään taksonitietokannasta haettu taksonomia/accepted taxon ja synonyms-kenttään taksonitietokannasta haetut synonyymit). Saman haun voi myös rakentaa itse kirjoittaen ehdot hakusivun alempaan search terms -hakukenttään. Esim. haku taxon: “Mytilostoma subcompressum” OR taxa: “Mytilostoma subcompressum” OR synonyms: “Mytilostoma subcompressum”, tuottaa 9 tulosta (filtteri “only accepted” ei ruksattuna).

Anniina / Lajitietokeskus

1 Like
6

Hei!

Huomasin, että *-villikortti toimii laji.fi havaintohaussa, esimerkiksi haulla [* subcompress*] (ilman hakasulkuja) pystyy mukavasti tutkimaan, löytyykö homotyyppisiä synonyymejä (hakuehto hyväksyy välilyönninkin, jolloin haun pystyy näppärästi kohdistamaan lajinimeen (epiteettiin).

Tästä juontui sellainen ajatus, että tietyissä tilanteissa olisi hyödyksi, jos havaintohaun Edistynyt-välilehdellä olisi eliöryhmärajauksen alla täppä, jonka rastittamalla saisi eliryhmärajauksen lisäksi mukaan
ne merkkijonoehdon täyttävät tulokset, joissa taxa-kenttä on tyhjä. Esimerkiksi haku [* curt*] tehostuisi merkittävästi.

Ja vielä edelleen kehitellen: hyödyksi olisi myös sellainen hakumahdollisuus, jossa saisi haettua pelkästään ne merkkijonoehdon täyttävät tulokset, joissa taxa-kenttä on tyhjä. Tämä tarjoaisi tehokkaan keinon löytää kohtia, joihin synonymiikka ei yllä. Tai vaikkapa tutkia, onko järjestelmään syötetty jostakin suvusta tai muusta lajiryhmästä uusia lajeja, joita järjestelmä ei tunne.

*-villikorttihausta olisi vielä kysymys:
Onko ehkä niin, että haku ei osaa etsiä aivan kaikkialta? Esim. seuraavat haut:

  1. [Chlorophyllum]: 181 osumaa viidestä lajista
  2. [Chlorophyllum*]: 69 osumaa viidestä lajista
  3. [Clorophyllum OR Chlorophyllum*]: 196 osumaa viidestä lajista.

Äkkiseltään ajatellen haku 2. vaikuttaa tässä tapauksessa palauttavan yllättävän vähän osumia, enkä pääse kärryille, miksi.

7

Eli toivot mahdollisuutta hakea havaintoja, jotka

A) Liitetty tunnettuun taksoniin
B) Ei liitetty tunnettuun taksoniin (= tuntematon nimi)
C) Molempia näistä

Laitetaan toivelistalle ja mietitään toteutusta. B-tapauksia tulee jatkossa (paljon?) vähemmän, kunhan saadaan koko maailman nimistö GBIF:lta mukaan taustalle.

Taksonihaun ohjeesta:

Voit rajata havaintoja taksonomian mukaisesti kahdella eri tavalla:

  1. Kirjoittamalla nimen tai sen osan ja valitsemalla haluamasi taksonin valikon tarjoamista vaihtoehdoista. Tällöin haku löytää kaikki taksonin havainnot, myös synonyyminimillä. Voit antaa minkä tahansa Lajitietokeskuksen tiedossa olevan nimen (suomenkielisen, tieteellisen, synonyymin tai muun käytössä olevan nimen.) Voit myös valita ylemmän taksonin, jolloin saat myös alataksonien havainnot. (Esimerkiksi jos valitset suvun, saat kaikki suvun ja suvun lajien havainnot.)

  2. Kirjoittamalla nimen ja painamalla enter-nappia. Tällöin saat tulokseksi ne havainnot, jotka on ilmoitettu käyttäen täsmälleen antamaasi nimeä (eikä esim. käyttäen synonyymejä). Hakeaksesi osittaisella nimellä lisää nimeen asteriski, esim. Alpha*.

“Chlorophyllum”-haku siis palauttaa kaikki havainnot, jotka on liitetty tähän sukuun.

“Chlorophyllum*”-haku taas palauttaa havainnot, jotka haettu käyttäen tällaista nimeä. Tällöin esim. nimellä “akansieni” kirjatut havainnot eivät tule näkyville.

Mikko / Lajitietokeskus