Näytteiden sekvensoinnista

Sienet
1

Itseä on näytte(id)en sekvenssointi on jo jonkin aikaa kiinnostanut ja mietinkin mahtaako asiasta saada jotain selkoa ilman mitään kovin syvällistä perehdytystä. Siinä aiemmassa kurssissa kun en valitettavasti ollut mukana.

Tuo Henrin aiemmassa postauksessa mainitsema Alvalab onkin nimenä jo tuttu. Mietin, että millaisella tilaussetillä perussekvenssin voisi näytteestä tilata jos ei mitään kauhean ammattimaista tarvitse? Ja onko sienillä joku vakioalue DNA:sta mikä sekvenssoidaan vai onko ihan tapauskohtaista? Ainakin ITS rDNA on muistaakseni tullut usein esiin lukemissani papereissa.

Olisi mukava kanssa tutustua johonkin esim. nettilähteeseen, joka selkeyttäisi asiaa, mikäli sellainen on olemassa. Tästä DNA-hommasta olen aikamoisen kuutamolla ja se on lähinnä joltain salatieteeltä vaikuttanut. Olisi siis kiva hieman saada jotain selkoa asiasta.

2 tykkäystä
2

Mukavaa kun kysyit. Lähetän sinulle tietoa ja taustatietoa. Monet sienitutkijat käyttävät Alvalabia. Hyvä puoli on se, että sinne voi lähettää vaikka vain yhden näytepalan ja pyytää yhden sekvenssin, mitään isompaa settiä ei tarvitse kasata. Paluupostissa saa kromatogrammin, josta oma työ varsinaisesti alkaa. Toki kannattaa lähettää näytepalat muutamasta näytteestä, niin saa enemmän työstettävää ja enemmän oppia.

Itsenäinen oppiminen onnistuu sen paremmin, mitä enemmän on tottunut puljaamaan tietokoneohjelmien kanssa (ottamaan haltuunsa itselleen ennestään tuntemattomia ohjelmia) ja mitä paremmin on kärryillä sen sieniporukan taksonomiasta, mitä sekvensoi.

Jos käytännössä perehtyy sekvenssiasioihin kunnolla, on se antoisaa monella tapaa. Oppii tuntemaan lajeja (kunhan sekvensoi hyvin dokumentoituja näytteitä), myös tieteellisistä jutuista alkaa saada enemmän irti.

Näytteiden lähettäminen Alvalabiin on siis hyvä keino aloittaa tutustuminen sekvenssipuoleen.

Mikäli haluaa teettää sekvenssejä enemmän, tuollaiselle palvelulle alkaa toki kertyä hintaa. Sen verran koukuttavasta asiasta on kyse, että äkkiä sitä haluaa - ja alkaa pohtia muitakin vaihtoehtoja. En osaa yhtään sanoa, onko Suomessa muiden eliöryhmien harrastajissa porukkaa, jota tekee osan työvaiheista kotonaan (DNA:n eristäminen, PCR). Kurssilla tätä puolta ei käsitelty, mutta maailmalla tälle tielle lähteneitä harrastajia alkaa jo olla.

2 tykkäystä
3

Hei Mika,

voisitko lähettää ne matskut samalla minullekin?

Olen kyllä lähetellyt näytteitä sekvenssoitavaksi ympäri maailmaa, mutta en ole vielä itse teettänyt analyysejä, kun en osaa tulkita tuloksia. Saisin tosin luultavasti apua ulkomaisilta kolleegoilta, mutta haluaisin oppia itsekin semminkin kun kotikokoelmiini on tainnut eksyä muutama tieteelle tuntematon lajikin…

Pikkukotelosieniä joutuu kyllä laittamaan tuubiin koosta riippuen muutamia/kymmeniä, pala ei riitä eli esiintymän pitää joskus olla melko runsas ja niin ei aina ole. Olen jo vuosia yrittänyt löytää riittävästi esim. Fuscolachnum pteridista hollantilaiselle ystävälleni analysoitavaksi. Minulla on vain yksi kohde, josta olen sitä löytänyt ja se näyttää olevan todella kranttu olosuhteista tai niukkana luultavasti häviää kilpailun muille ja itiömäärät ovat niukkuuden takia luultavasti vähäisiä. Eikä tuo edes ole ainoa laji, jota olen luvannut yrittää toimittaa kolleegoilleni vielä onnistumatta :unamused:

t: Marja

4

Marjan viestistä ilmenee osa niistä hankaluuksista, joita erityisesti kotelosienitutkijoilla on vastassaan. Rihmaston kasvattaminen maljalla ja dna:n eristäminen tästä rihmastosta voi olla ainoa keino, millä pääsee eteenpäin. Kyse ei ole pelkästään määrästä vaan myös siitä, että puhdasviljelmää käyttämällä voidaan välttää kotelosienten sekvensoinnin riesana olevat kontaminaatiot.