Jos kiinnostaa niin Ohion sieniprojektille voi lähettää sieninäytteitä sekvensoitavaksi ilmaiseksi. Vaikkapa Suomesta. Protokolla ohessa.
1 Like
Tämä on kyllä mielenkiintoinen mahdollisuus. Ohion projekti on tarjonnut ilmaista sekvensointia aikaisemminkin. Sekvensointi on siis ilmaista mutta rajoituksena on yksi näyte per laji ja edellyttää dokumentoinnin Inatiin. Lisäksi faktisesti pyydetään vapaaehtoista lahjoitusta labran ylläpitoon. Olisiko pari taalaa per näyte sopiva kannatusmaksu.
Mycota, joka on vastaava mutta suurempi Stephen Russellin vetämä yhteisöllinen labra, on myös tarjonnut “omakustanteista” sekvensointia pari euroa per sekvenssi, mutta juuri nyt tuo mahdollisuus on suljettu. Tällä hetkellä Mycota tarjoaa ilmaista sekvensointia vain P-Amerikkalaisille näytteille. Ohion projekti on tässä mukana paikallisena toimijana.
Kummatkin labrat käyttävät nanophore sekvensointia joka on huomattavan paljon edullisempaa kuin perinteinen Sanger sekvensointi. Mycotalla juoksevat kustannukset per sekvenssi ovat parinkymmenen sentin luokkaa. Tässä toimii suuruuden ekonomia kun laiteinvestoinnit maksavat nanophore/minionilla kymppitonnin luokkaa mutta sekvensointikulut ovat pienet (ilman työvoimakuluja). Varmaan tämä nanophore sekvensointi yleistyy aika nopeasti ja sitten rajoitteena ei ole enää sekvensoinnin kustannukset vaan näytteiden saatavuus. Kunpa saataisiin Suomeenkin tällaista yhteisöllistä labrameininkiä.
1 Like