Teillä oli joku aika sitten suunnitelmissa kehittää jotain sekvenssidatan tallentamista mahdollistavia ratkaisuja laji.fihin. Onkohan jotain tapahtunut tai tapahtumassa tämän suhteen?
Miten sekvenssidataa pitäisi tallettaa nyt Laji.fissä tai onko tähän tulossa jokin laajempi tietokantaratkaisu? Tämä ei ole triviaali kysymys koska pelkkä tekstimuotoisen fastadatan tallentaminen johonkin kommenttikenttään ei toimi (.ab1 tiedostot, fylogeneettiset puut, .phd.1 tiedostot, salaustarpeet, hakuominaisuudet, tunnisteet muissa järjestelmissä kuten genbankissa etc). Jotkut ovat talletelleet Laji.fihin fastatiedostoja vaihtelevin tavoin eri tekstikenttiin ja samaten jotain screeshotteja fylogeneettisista puista kuvina. Itse olen odotellut jos jotain ohjeistusta/ratkaisua tähän tulisi.
Tätä dataa on jo kertynyt suht runsaasti. Sienipuolella harrastajilla on jo tuhansia sekvensoituja keräyksiä. Olisi kätevää jos sekvenssidatan saisi tallennettua muun havaintodatan yhteyteen jotenkin ohjatusti ja hakukelpoisesti. Nyt kun näin ei ole joutuu pitämään useita erillisiä taulukoita erillisillä havaintotunnisteilla ja eri järjestelmissä, mikä on turhan työlästä ja havaintodatojen yhdistäminen myös kovasti hankalaa.
Tähän ongelmaan voi olla yleisempääkin kiinnostusta kun esimerkiksi FinBolin sekvenssidata on tulossa piakkoin julkiseksi. Tällä hetkellä ei ole ymmärtääkseni olemassa mitään julkista tietokantaa jossa olisi yhdistettynä sekvenssidata ja muu keräyksen data kokonaisuudessaan ja hakukelpoisesti.
Olisiko tähän mahdollisuutta saada jotain kommenttia. Jos tallennusmahdollisuutta ei ole näköpiirissä niin sekin olisi hyvä tieto että osaisi suunnitella sitten jotain muuta ratkaisua omille sekvensseilleen.
Kiitos kysymästä. Kyselin tähän liittyviä suunnitelmista. Lyhyesti: lyhyellä aikavälillä tuskin on tapahtumassa paljoa, pidemmällä aikavälillä kyllä.
Käynnissä olevassa FunTax-hankkeessa on tarkoitus suunnitella sekvenssidatan käsittelyä erityisesti sienten näkökulmasta. En osaa sanoa hankkeen aikataulusta.
Mikko / Lajitietokeskus
Kiitos tiedoista. FunTax on hankekuvauksen mukaan 2024 hyväksytty 2-vuotinen projekti jossa kehitellään helttasienten ja tattien sekvenssitunnistuspalvelua. Siitä ei taida olla apua tähän sekvenssidatan tallennusongelmaan.