1. Miten sieni- ja limasieninäytteiden sekvensointi tapahtuu?
2. Minne harrastaja voi lähettää näytteet sekvensoitavaksi?
3. Kuinka paljon sekvensointi maksaa?
1 tykkäys
-
Ensimmäinen kysymys on aika laaja ja menetelmiä on useita erilaisia. Käytännössä sekvensointi tapahtuu niin että pikku pala näytteestä lähetetään labraan joka tekee sekvensoinnin ja palauttaa sekvenssitiedoston näytteen lähettäjälle. Labrassa näytteestä eristetään DNA:ta ja sitten sekvenssori lukee halutun DNA alueen emäsjärjestyksen.
-
Harrastaja voi lähettää näytteitä oma-aloitteisesti labroihin sekvensoitavaksi mutta tämä tulee useimmiten kalliiksi ja on muutenkin aika epäkäytännöllinen vaihtoehto. Museo tarjoaa aina välillä ilmaista sekvensointia mutta näihin liittyy ehtoja - edellytetään esim. että tehdään museonäyte. Olen kerännyt harrastajilta paljon sieninäytteitä sekä museolle sekvensoitavaksi että omarahoitteiseen sekvensointiin. Varmaan taas lähiaikoina lähettelen näytteitä ainakin omarahotteiseen sekvensointiin ja siihen pääsee kuka vain kiinnostunut mukaan. Tämä siis koskee sieninäytteitä, limasienille ei vielä ole oikein tarjolla harrastajille sopivaa sekvensointimallia. Jos on kiinnostusta niin voin selvittää näitä asioita tarkemmin vaikka meilitse tai soittaakin voi.
-
Viimeisin omarahotteinen sekvensointi pari kuukautta sitten kustansi reilut 3 euroa per näyte. Hinta saatiin noinkin alas kun keräsimme isomman satsin näytteitä ja lähetimme ne kerralla. Mukana tuossa erässä taisi olla kymmenkunta harrastajaa taikka yhteisötieteilijää ja näytteitä kuutisen sataa. Mukaan pääsee käytännössä ilmoittamalla kiinnostuksensa, tässä on ovet auki kaikille.
Jos kiinnostaa niin pitää kerätä näytteitä, kuivata ne, ja dokumentoida laji.fihin. Sitten tekee listan näytteistään jotka haluaisi sekvensoitavaksi ja lähettää näytteet tai pikku palat näytteistä minulle. Laitan ne sitten mukaan seuraavaan omakustanteiseen sekvenssierään.
3 tykkäystä
Kiitos Henri! Sain selkeät ja ymmärrettävät vastaukset kaikkiin kysymyksiin. Ehkä syksymmällä lähetän näytteitä joistakin haarakkaista.
1 tykkäys
Haarakkaat ovat hyvä ryhmä kerättäväksi ja sekvensoitavaksi. Ne tunnetaan huonosti ja näytteet on helppo kuivata. Huonona puolena on usein suuri koko, jos tekee “museonäytteitä” niin vievät paljon tilaa ja tarvitsevat jonnin sortin keräysboxeja etteivät murennu. Sekvensointiin riittää kuitenkin ihan mini palanen sientä eli ei ole pakko tehdä museonäytteitä jos se tuntuu epäkäytännölliseltä. Olennaista on hyvä kuvallinen dokumentointi laji.fihin ja pienen palasen kuivaaminen tutkimusnäytteeksi.
Itsekin olen kerännyt yhtenä ryhmänä haarakkaita ja sekvensointi on tuottanut paljon yllätyksiä. Esim viime syksyltä kotinurkilta tämmöinen tapaus
Kun kilikkaa lisätiedot esiin niin sieltä löytyy myös keräyksen sekvenssi eli tuollaisia ne sekvenssit ovat, pitkiä emäsjonoja jotka toimivat eräänlaisina sörmenjälkitunnisteina taikka viivakoodeina. Niitä sitten verrataan muihin sekvenssipankkeihin jo tallennettuihin sekvensseihin etc.
Hauskaa puuhaa eikä kovin kallista enää ja tuottaa aidosti aivan uutta tietoa sienilajistostamme.
Nyt en yhtään muista kenen kanssa keskustelin museonäytteistä, joku jokatapauksessa joka jollain tapaa havaintodataa ja näytteitä käsittelee työkseen. Hän esitti toiveen, että jos näitä sekvenssejä teetetään niin kovin mieluusti museoihin haluttaisiin nämä näytteet ja toki tuo Laji.fi:hin kirjaus. Eli jos suinkin intoa ja tiloja riittää niin hyvät näytteet, ohjeiden mukainen kuivaus, nahistus/prässäyskäsittely, pakkaus ja toimitus museolle 
Juuri näin kuin Anne sanoo. Jos sekvenssin mukaan kyseessä onkin harvinaisuus tai jopa tuntematon laji, harmittaa, jos näytettä ei ole kunnolla tutkittavaksi asti. Ainakin kannattaa pitää näyte siihen asti kun saa tulokset ja päättää sitten, onko siitä tarve tehdä museonäyte vai ei.
Tuo hyvä kuivaus ja etenkin nahistus on tärkeää. Haarakkaat ovat kuivana hauraita ja menevät hyvin helposti murukasaksi. Siksi nahistus ja kevyt prässäys litistävät ne helpommin säilöttäviksi. Toinen vaihtoehto on tukeva rasia, mutta se taas vie paljon tilaa museon kokoelmissa. Etenkin isokokoisilla lajeilla.