Onkohan tietokannasta mitenkään mahdollista hakea havaintoja isäntätaksonin perusteella? Tuolta rajausvalikosta en itse ainakaan sellaista vaihtoehtoa löydä. Mikäli ei, tällainen ominaisuus voisi olla aika kätevä. Esimerkiksi kasvien mikrosieniä sekä pikkumaljakkaita ja pyrenoja ym. koskeva tieto on monesti hajallaan eri lähteissä, ja sitten kuvia/lisätietoa täytyy hakea laji kerrallaan milloin mistäkin. Tämä on vaivalloista ja lajilistat monesti pitkiä. Jos Lajissa pystyisi rajaamaan havaintoja isännän perusteella, näkisi heti mitä kaikkea kyseiseltä kasvilta on jo Suomessa havainnoitu sekä mahdolliset kuvat - saattaisi joissakin tapauksissa nopeuttaa prosessia huomattavasti.
En tiedä ymmärsinkö oikein, mutta voihan Selaa havaintoja -näytön hakukenttään Lajin nimi / taksonin nimi -kenttään kirjoittaa hakusanaksi muutakin kuin mitä Rajaa eliöryhmällä -valikosta saa. Esim. kimalaisia ei valikosta saa, mutta hakukenttään voi syöttää kimalaiset ja saa kaikki kimalais-havainnot.
Ei vaan esimerkiksi jos siankärsämöllä kasvaa eri sienilajeja, niin saisi selattua pelkästään niitä sieniä joiden havaintoon on merkattu isännäksi siankärsämö.
Ok. Olen itsekin kaivannut hakua, jolla saisi esim. tietyä kasvia ravintonaan käyttävät perhoset (erotuksena aikuiset ja toukat).
Ei ole mahdollista hakea isäntätaksonin perusteella. Toisaalta se on ehkä hyvä, koska monet mikrosienet ovat joko väärin määritettyä ja voivat olla oikeasti hyönteisten tai hämähäkkieläinten aiheuttamia äkämiä tai vioituksia, tai sitten sekvensoinnit ovat osoittaneet, että isäntätaksonilla kasvaa jokin muu laji kuin mitä aikaisemmin on kuviteltu, eikä tieto ole päivittynyt mm. museonäytteisiin tai Lajitietokeskuksen tietokantaan.
Plant Parasites of Europe (https://bladmineerders.nl/en/scientific-plant-names-genera/) on käyttökelpoinen ja melko luotettava, vaikka siellä virheitä onkin, eikä sieltä näe erikseen Suomesta löydettyjä mikrosieniä.
Jos joku mikrosieni arveluttaa, niin laita kyssäriä tuonne mikrosienten alle ja autan parhaani mukaan.
Juu, Plant Parasites of Europe on käytössä, samoin Ellis & Ellis sekä se Stenroos ym. suomalainen kirja. Etenkin kahdessa ekassa lista vaan on monesti kymmeniä lajeja pitkä ja siksi olisi kiva nähdä yhdellä vilkaisulla suuntaa-antavia ehdokkaita. Virhemääritysten mahdollisuus totta kai mielessä (erityisesti iNatin tunnistusalgoritmi…). Kun on jotain uskottavia vaihtoehtoja pöydällä, on helpompi sitten tutkia tarkemmin ja esim. scholar-googlailla artikkeleita.
Tämä foorumi on tietysti kelpo paikka kysyä, kiitos kun pyörit auttamassa.
Havainnot voi ladata taulukkona ja suodatella sitä Excelissä. Jokin maksimimäärä on olemassa ladattaville havaintoriveille, mutta puhutaan varmaan sen verran harvoin kerätyistä sienistä, että se ei edes tule ehkä vastaan (Edit: viittauskelpoisessa latauksessa ei ole ainakaan 10 000 rajaa). Viittauskelpoisesta latauksesta löytyvät kaikki tiedot; osa ainakin ennen oli vähän hankalasti eri taulukoissa, mutta saa ne sieltä ongittua. Myös R:llä (paketti Finbif) tai muulla ohjelmointikielellä voi hakea tietoja rajapinnasta; tämä toki vaatii osaamista. Sitten isäntälaji ei välttämättä ole omassa sarakkeessan, vaan jossain lisätiedoissa (Edit: tämä voisi olla kaipaamasi haun suurin kompastuskivi). Eli aineistoa varmaan joutuu pyörittelemään. Yksi vaihtoehto on syöttää taulukko tekoälylle ja katsoa, mitä tulee ja voiko siihen luottaa.
Juuri tuo isäntätaksonien merkitsemättä jättäminen tai merkitseminen eri sarakkeisiin on kompastuskivi.
Tässä esimerkkejä paatsaman-heinänruosteesta (Puccinia coronata). Kaikissa havainnoissa isäntätaksoni ei välttämättä näy suoraan, vaan pitää klikata erikseen oikein yläreunan painiketta Näytä lisätiedot.
iNat, isäntä mainitaan kohdassa lisätiedot: Havaintoerä | Suomen Lajitietokeskus
Vihko, kohdassa lisätiedot: Havaintoerä | Suomen Lajitietokeskus
Oma havaintoni Sieniatlaksessa, isäntä kohdassa kasvualusta (laji): Havaintoerä | Suomen Lajitietokeskus
Museonäyte, kohdassa lisämuuttujat/kasvualusta Havaintoerä | Suomen Lajitietokeskus
Museonäyte, kohdassa lisämuuttujat/suhde: https://laji.fi/view?uri=http:%2F%2Fid.luomus.fi%2FHA.H6071312&highlight=http:%2F%2Fid.luomus.fi%2FMY.5347297
Museonäyte, isäntä kohdassa lisämuuttujat/elinympäristön kuvaus: Havaintoerä | Suomen Lajitietokeskus
Jos nyt oikein muistan, niin noissa kirjatuissa museonäytteissä isäntätaksoni saatettiin mainita vielä joissakin muissa kohdissa, kuin nyt tähän esimerkeiksi löytämissäni.
Asiaa ei tietenkään helpota se, että Lajitietokeskukseen isäntien nimet on kirjattu (yleensä) niillä nimillä, jotka sattuivat kirjaamishetkellä olemaan voimassa. Joissakin tapauksissa, ilmeisesti kirjaajasta riippuen, nimet saattavat olla myös vanhoilla synonyymeillä. Mutta kun Lajitietokeskuksessa isäntätaksonin nimi muuttuu, niin se ei muutu ainakaan tänne laitettujen museonäytteiden kohdalla, vaan jää edelleen kirjaamishetkellä olevaksi nimeksi.
Aivan, mulla oli tunnelinäköisenä vain sieniatlaslomake mielessä, missä kasvualusta (laji) -kenttä on automaattisesti tyrkyllä ja mietin että siitähän tuon isännän helposti rajaisi hakuun. Mutta tosiaan nämä on kirjattu vähän miten sattuu myös muissa kuin iNat-havainnoissa. No, ehkei sitten olisi aivan niin kätevä hakurajaus kuin ajattelin. Ei välttämättä täysin hyödytönkään.
Paulille kiitos ehdotuksista, näistä voi olla tulevaisuudessa hyötyä. Etenkin R-paketin olemassaolo oli mulle kokonaan uutta tietoa.
Laji.fi:ssa ei voi hakea isäntä- tai kasvualustataksonin perusteella. Tämä on niitä tietoja, joita tulee eri lähteistä eri muodoissa ja monissa eri kentissä, eikä niitä toistaiseksi ole harmonisoitu yhtenäiseen muotoon.
Isäntätiedon saa tutkittavaksi lataamalla suuremman aineistokokonaisuuden tiedostona tai rajapinnan kautta, ja sitten tutkimalla ohjelmallisesti tai muuten millaista tietoa eri kentissä on. Isäntätaksoni-kenttä on vapaatekstiä, joten siinä voi olla taksoninimiä eri kielillä tai jotain ihan muuta.
Mikko / Lajitietokeskus
1 tykkäys