Laji.fi | Tietoja foorumista | Käyttöehdot | Yksityisyys | Keskustelusuosituksia

LAJI.FI-foorumi

Kaunosiilikäshavainto Helsingistä hävisi tietokannasta?

Helsingistä löytyi otsikon perhonen maalle uutena 7.10.-20, Merja Nikkinen julkaisi sen kuvan kera Facebookin Suomen perhoset -palstalla. Hetimiten hän sai sen talletettua myös tietokantaan, muistan kun kävin sitä vilkaisemassa ja siinä oli toinenkin kuva, määrityksestä ei siis ollut epäselvyyttä. Mutta onko asiasta tullut jälkikäteen jotain epäilyä havainnon laadusta muuten (kuvattu muualla, importti…?), koska nyt sitä ei löydy enää. Eikä kaunosiilikästä (Utetheisa pulchella) ollenkaan listalta. Ihan mielenkiinnosta kyselen.

Mutta listalle se kannattaa joka tapauksessa pistää uusiksi, koska tuossa tuli juuri toinen varma havainto valorysäsatsista Virolahdelta (Klemetti & Helomaa).

On se siellä :grinning:

Haku ei löydä ilmeisesti uusia lajeja suomi/latina. Miten ne löytyy?

No joo, onhan se tosiaan, olin vähän käsi. Mutta ilmaantuu esiin vasta kun tieteellisen nimen kirjoittaa ja painaa enteriä, ei anna ehdotuksia. Eikä erikseen lajia hakiessa löydy listalta.

Vaikuttaa siltä, että tieto uusista lajeista ei vieläkään kulje lajiluetteloa ylläpitävälle Marko Mutaselle. Vasta kun Marko on lisännyt uuden lajin luetteloon, järjestelmä tunnistaa nimen perhoseksi ja nimi näkyy luetteloissa.

1 tykkäys

Pohjolan ja Baltian perhosten luettelo olisi hyvä saada käyttöön. Auttaisi sekä Suomelle uusien lajien että ulkomaan havaintojen tallennuksessa ja haussa.

Jos taksonominen tietokanta ei tunne lajia, se löytyy kuitenkin hakemalla täsmällisellä nimellä (jolla se on tallennettu): https://laji.fi/observation/list?target=Utetheisa%20pulchella&countryId=ML.206

Tosin tässä on juuri nyt bugi, jonka takia haku voi valita hakua muistuttavan nimen, vaikka ei pitäisi. Tämä on korjattu, korjaus julkaistaan varmaankin ensi viikolla.

Kyselen myös taksonomiavastaavilta lähialueiden luetteloista. Pitkällä tähtäimellä on tarkoitus hakea tuntemattomille nimille sukupuu GBIF:n palvelusta, jolloin ongelmaa ei olisi vaikka nimistöjä puuttuisi.

Mikko / Lajitietokeskus

Pohjolan ja Baltian perhosten luettelon käyttöä vaikeuttaa se, että Suomessa käytetään osasta lajeja eri nimiä kuin tuossa luettelossa. Tälläkin hetkellä Suomen luettelossa on 268 lajia, joilla on eri nimi kuin Pohjolan ja Baltian luettelossa.

Pohjolan ja Baltian perhosten luettelo on kyllä valmiiksi tietokannassa ja sieltä löytyvän lajinimen Utetheisa pulchella perusteella pystyisi ainakin päättelemään sen, että kyseessä on perhonen.

Havaintopäiväkirjassa voisi myös olla mahdollisuus antaa ylemmän taksonin nimi, jos havainnossa käytettyä nimeä ei löydy tietokannasta. Antamalla tuntemattomalle nimelle tarkin tietokannasta löytyvä taksoninimi havainto voitaisiin ainakin sijoittaa oikeaan ryhmään heti tallennusvaiheessa. Itse asiassa tämä tieto tulisi vaatia aina kun havainto kirjataan tuntemattomalla nimellä.

Pitkällä tähtäimellä on tarkoitus hakea tuntemattomille nimille sukupuu GBIF:n palvelusta, jolloin ongelmaa ei olisi vaikka nimistöjä puuttuisi.

Tämä on järkevää, Kunhan vaan toteutuu järjellisessä ajassa.

Tuolla ratkaisulla myös eksoottisemmilta alueilta tehdyt havainnoy järjestyvät ainakin heimotasolla, mikä vähänkin isommassa aineistossa on käytettävyyden kannalta todella merkittävä parannus.

Lajisplittauksissa ja ulkomaan havainnoissa on vielä hieman työstämistä. Nyt tietokannasta tulee Hauilla Pyralis regalis ja Pyralis cardinalis samat havainnot ja niiden nimeksi Pyralis cardinalis. Ainakin tuon yhden Lesvoslaisen kohdalla tämä menee poskelleen. Se on regaliksena ilmoitettu ja sellainen se edelleen on. Kaukoidän otukset ovat sitten oma lukunsa. Monet ovat varmaan cardinalista, mutta Etelä-korean osalta kysymys on mielenkiintoinen.

Kuinka nyt sitten pitäisi ilmoittaa ulkomailta oikea regalis?

Pyralis regalis Denis & Schiffermüller, 1775

on merkitty lajin MX.61019 Pyralis cardinalis Kaila, Huemer, Mutanen, Tyllinen & Wikström, 2020 synonyymiksi

P regalis ei siis pitäisi olla synonyymi vaan oikea laji (ulkomailta)? @Marko_Mutanen

Juurikin näin. P. regalis on Etelä-Euroopassa ja P. cardinalis pohjoisessa jatkuen koko mantereen poikki itään. P. regaliksen tilanne Aasiassa on kait vielä hieman auki.

Hei Esko ym. Tilanne on toki kovin tuttu minulle, mutta ratkaisu ei. Meillähän on lukuisia lajeja joilla on sama tilanne. Tyypillinen syy tähän on juuri lajisplittaus. Taksonomisessa kirjallisuudessa tähän on olemassa ratkaisu, eli tässä tapauksessa Pyralis cardinaliksen synonyyminimenä pitäisi olla Pyralis regalis auct., mutta minä en tiedä miten tuon tiedon, eli merkinnän “auct.”, tai “auct nec. [auktori]” voi taksonieditoriin lisätä. Jos regalis ei olisi taksonieditorissa cardinaliksen “synonyyminä”, silloin vanhat cardinalis-havainnot Suomesta vaikuttaisivat oikealta regalikselta. Jos tähän on olemassa jokin ratkaisu, niin otan tiedon kiitollisena vastaan.

GBIFfin sukupuissa on sirtten paljon virheitä vähemmän tutkituissa/seuratuissa ryhmissä.

Hyvää ratkaisua tähän ei ole. Standardiratkaisu olisi luoda käyttää vanhalle lajikonseptile (so. numero MX.61019 sensu 2019) nimeä “Pyrausta regalis coll.” ja nostaa sen taksonomiseksi tasoksi species aggregate. Sen sisään tehtäisiin kaksi uutta taksonia, Pyrausta regalis [s.str.] ja P. cardinalis.

Ratkaisun hyviä puolia:

  • Tämä on tapa, jolla vastaava tilanne on hoidettu muissa eliöryhmissä. Kts. esim. 'rusko-orakasryhmä https://taxoneditor.laji.fi/MX.205986 : entisen rusko-orakkaan sisällä on 8 lajia.
  • Tällöin tuloksia voi hakea nimi uusilla nimien tulkinnoilla tai nimellä “Pyrausta regalis coll.”, jolloin hakutulos sisältää sekä P. regalisin, P. cardinalisin että ne havainnot, jotka on kiinnitetty coll-taxoniin (= P. regalisin sensu <2020)

Huono puoli:

  • Vanhat havainnot, joiden määrityskenä lukee vain P. regalis, yhdistyvät väärään taksoniin (P. regalis s.str.). Yksi mahdollisuus kiertää tätä on käyttää taxoneditorin Observation linking override-optiota.

Pitkän päälle käyttökelpoisin ratkaisu olisi se, että 1. taksonomiatietokannassa olisi edellä esitelty rakenne ja 2. yksittäiset havainnot käytäisiin läpi ja merkattaisiin, mihin taksonikonseptiin ne oikeasti liittyvät. Tässä auttaisi paljon se, jos Laji.fi:ssä olisi mahdollisuus merkitä annotointitietoja bulkkina. Siis niin, että kaikkiin hakutuloksena oleviin tietoihin voisi kerralla lisätä esim. korjatun määrityksen tai “tarkista määritys”-tagin.

1 tykkäys

On niitä virheitä, esim. vanhoja (kuvauksessa) olleita nimiyhdistelmiä, jotka heittävät otuksen väärän sukuun tai jopa heimoon, myös perhosissa paljon. Mutta kyllä GBIF-nimistöstä löytyy myös ne nimet oikeassa muodossa ja oikeista suvuista.

Itse näen tuon marginaalisena ongelmana siihen hyötyyn nähden, jonka tuo GBIF-nimistön käyttömahdollisuus tarjoaisi Suomen ulkopuolisen lajiston tallentamiseen ja ennen kaikkea tietokantaan tallennetun aineiston käytettävyydelle. Nykytilanne kun on se, että eksoottisempaa lajistoa on turha tähän tietokantaan tallentaa, koska siitä ei saa mitään hyötyä oman aineiston tietojenkäsittelyyn, päinvastoin vain lisätyötä. Paljon hyödyllisempää ja vähätöisempää on kirjata nämä omaan exceliin tai yhteistyötilanteessa Google-sheetille ja pyöritellä tietoja siellä.

Kannattaa oikeasti ymmärtää, että täydellisyys on hyvän pahin vihollinen. Vaikka GBIF-nimistössä on nykykäsityksen mukaan vääriä nimiyhdistelmiä ja synonymejä (kaikki nuo nimet ovat jossain vaiheessa olleet ihan oikeita nimiä), niin on siellä myös ne oikeat nykynimet, jotka tietysti kannattaa tietoa syöttäessä valita. Ja vaikka joku nimi joskus “vanhenisi” tieteen edistyessä, asiantuntija osaa (ainakin periaatteessa) hakea tietoa myös näillä vanhentuneilla nimillä. .

Hei Marko,

Tässä tapauksessa voit lisätä P. regalis -lajin misapplied-nimeksi P. cardinalis -lajille (tämä kategoria löytyy add synonym-luettelosta editorista)! Palataan Marko pian, editointiin. Eppu tulee takaisin torstaina. Mulla tänään ja huomenna menossa RT-siivousta vielä. Käytämme sienissä yhä enemmän tosiaan coll. ryhmiä, joiden lapsiksi tulevat lajit yms. Havaintojen linkittämiseen Jere mainitsikin yhden vaihtoehdon. Lisäksi on mahdollista käydä havainnoista merkitsemässä tietylle MX.koodille asiantuntija-annotoinnissa. Ota yhteyttä Eppuun (tai minuun torstaina tai perjantaina).

JKT & J-P
Havainnot ei toki mihinkään häviä, löytyvät kyllä, kun tallennetulla nimellä haetaan (ettei jää kuvaa, että havainnot katoavat). Ja kuten aimmin on kerrottu, nimistöbackbone on tarkoitus tulla meille. On kuitenkin eri motiivi ylläpitää suomalaisten lajien lutteloa ja lajikäsitteitä. Ja sille on ollut erityinen kiire ja kansallinen tarve. Edetään tilanteen mukaan. Asia on kyllä tiedostettu ja sitä edistetään.

T. Tea v. B./nimistökoordinaattori

Heips.

Juu, GBIF on toki paljon parempi vaihtoehto kuin ei mitään, siitä olen ihan samaa mieltä.

Tässä näkyy se, miksi sanoin “vähemmän tutkituissa/seuratuissa ryhmissä.”. Perhospuolella GBIF näkyy olevan melko kattava jopa lajitasolla, vaikka esim. Moths of Borneo-sarjan nimiä puuttuu paljon, kuten huomasin Pellisen Markun lahjoittamia yksilöitä käsitellessäni.

Kommenttini koski oikeastaan nimenomaan sukupuita eikä niinkään lajitasoa. Kärpäspuolella siellä on ollut melkoisia suursystemaattisia fiboja. Esimerkiksi puukärpäset (heimo Xypholagidae) olivat GBIFin taxonomic backbonen mukaan nilviäisiä, kunnes valitin asiasta viime syksynä. Tällainen aiheuttaa enemmän ongelmia kuin yksittäinen puuttuva tai väärin kirjoitettu nimi.

Globaalin aineiston pyrittelyä excelissä (tms.) en itse enää suosisi jo pelkästään siitä syystä, että vain Excelissä oleva aineisto on tehokkaasti piilossa ja häviämisvaarassa. Mutta kukin taaplaa tyylillään, vapaassa maassa kun ollaan. Pistä ihmeessä Lajitietokeskukseen vinkkejä siitä, mitä he voisivat tehdä paremmin niin, että harkitsisit ulkaomaisten aineistojesi siirtoa sinne :slight_smile:

T: Jere

Tähän täytyy kommentoida, että kyllä meillä on jo meidän palveluiden puutteet tiedossa ja mm Jari on toiveita vuosien aikana ansiokkaasti runsaasti esittänyt. Mutta toistaiseksi emme ole kovin montaa ongelmakohtaa vielä ehtineet oikeasti ratkaista. Suunnitelmia on, mutta vielä tarvittaisiin aikaa kehittää ne :slight_smile: Tässä täytyy kai viitata kehitystiedoitteisiin, joita parin kuukauden välein julkaisemme. Meillä on aika paljon kaikenlaista tekeillä. Jatkuvasti kuitenkin palvelua parannetaan ja työstetään.

Esko / Lajiteitokeskus

1 tykkäys

Mainiota!

Me ulkopuoliset emme näy Kotkan toiveiden tynnyriä, joten joudumme kommentoimaan hieman sokkona. Koittakaa kestää :smiley:

Ymmärrämme (toivottavasti) kyllä, että teitä on vähä, ideoita on paljon ja monet muut osat Lajitietokeskusta (esim. rengastuspuoli) ovat minustakin vähintään yhtä tärkeitä kuin minun käyttötarpeeni :open_mouth:

Ylivoimaisesti tärkein asia olisi saada annotointi kuntoon eli systeemi, jossa lajeille tuotettaisiin raja-arvot, joiden pohjalta automatiikka hoitaisi annotoinnin ensimmäisen vaiheen. Siis työkalu tähän sen mukaan, mitä olemme SPS:n puolelta esittäneet.

Jos tätä ei toteuteta, joudutaan vastaava työkalu kehittämään lajitietokeskuksen ulkopuolelle, jolloin se ei tule olemaan vapaasti käytössä olevaa dataa. Syy tälle on se, että perhosdatassa on niin paljon virheellistä dataa ja sitä tulee koko ajan lisää ja lisää. Ja esim. seuraavan uhanalaisarvioinnin osalta kannan dataa ei käytännössä voida käyttää arviointiin. Jo nykyisellään virheellisen datan määrä on niin suuri, että annotointi olisi manuaalisesti tehtynä useamman vuoden työ.

Toinen haitta tässä nykytilanteessa on, että aika moni on ilmoittanut, ettei laita havaintojaan kantaan, koska data on niin virheellistä, että siitä ei ole mitään hyötyä.

Eli jos minun (SPS:n) toiveista jotain joskus toteutetaan, aloittakaa tästä annotointityökalusta. Nuo ulkomaan datan tallennukset on ihan sekundääristä tuohon verrattuna. Toi annotointityökalu on täysin elintärkeä juttu, jos tarkoituksena on, että kantaan syötetään jatkossakin muutakin kuin neitoperhosia ja vastaavia…