Jälleen kokemuksia Vihkosta

Lajitietokeskus Havaintopalvelu Vihko
1

Tallentanut 2018 havainnot omista Excel-taulukoista Vihkoon ja nyt yrittänyt täsmäyttää tietoja. Teettääpä töitä. Jotain huomioita yritän tähän kirjata.

  • Olisi helpompaa, jos havaintoerät olisivat havaintopäivän/ajankohdan mukaisessa järjestyksessä.
  • Työlästä, kun havaintoeriä tarkistaessa, joutuu erän suljettaan taas alkuun.
  • Itselle ei ainakaan tärkeää se, kuinka monta havaintoa olen mistäkin lajista tehnyt - mieluummin lajit heimoittain ja jos mahdollista akkosjärjestyksessä. Voiko tälle sivulle saada vaihtoehtoja, joista valita mieleinen tulostusnäkymä.
  • Hirveästi teetti töitä, kun heinäkuun lopun tilannetta täsmäytin ja sain omista taulukoistani aivan eri tuloksen kuin VIhko. Lopulta huomasin, että Kilpisjärven haivainnot aiheuttivat eron. Myöhemmin ne kyllä tulivat mukaan.
  • Kolme päiväperhoslajia ei edelleenkään tule mukaan listauksiin (luhtakultasiipi, apollo, kalliosinisiipi). Ymmärrän sen ehkä, mutta listaukseen voisi kenties tulla joku maininta asiasta. Tosin päiväperhoset ovat helppo ryhmä muistaa ja tarkistaa ja toivottavasti muissa ei tällaisia ole.
    Rauhallista joulunaikaa kaikille ja perhosrikasta vuotta 2019.
2

Ainakin yhden lajin löysin, joka löytyy kyllä talletetusta havaintoerästä, mutta ei tulostu lajilistaan: mansikkaseulakoi, Incirvaria praelatella. Tämä oli siinä tilanteessa, kun hain kaikkia lajejani heimon perusteella. Itsellä havainto vain 2018. 15.06.2018 JX 140988
Sama juttu koivukääpäkoin, Nemaxera betulinella kanssa. Löytyy havaintoerästä, ei tulostu Tineidae-heimon listaan. 17.06.2018 JX 141276

3

Lajitietokeskuksen nimistöstä löytyy
IncUrvaria praelatella Incurvaria praelatella | Overview | Finnish Biodiversity Info Facility , joka on heimossa Incurvariidae Incurvariidae | Overview | Finnish Biodiversity Info Facility
ja
Nemaxera betulinella http://tun.fi/MX.58757 , joka on heimossa Tineidae http://tun.fi/MX.58722

Annatko havaintoerien tunnisteet, niin voin katsoa miten havainnot ovat linkittyneet taksonomiaan.

4

Hei!

Olisi helpompaa, jos havaintoerät olisivat havaintopäivän/ajankohdan mukaisessa järjestyksessä.

Järjestäminen onnistuu kohdasta Vihko > Omat havaintoeräni. Järjestysperustetta voi vaihtaa klikkaamalla sarakeotsikoita.

Itselle ei ainakaan tärkeää se, kuinka monta havaintoa olen mistäkin lajista tehnyt - mieluummin lajit heimoittain ja jos mahdollista akkosjärjestyksessä. Voiko tälle sivulle saada vaihtoehtoja, joista valita mieleinen tulostusnäkymä.

Tämä onnistuu Suomen lajien osalta kohdasta Selaa havaintoja > Suomen havainnot (beta), Järjestä sarakkeen “Taksonominen järjestys” mukaan. Jos sitä ei näy, valitse sarake näkyviin tulosluettelon oikean yläkulman rattaasta.

Kolme päiväperhoslajia ei edelleenkään tule mukaan listauksiin (luhtakultasiipi, apollo, kalliosinisiipi). Ymmärrän sen ehkä, mutta listaukseen voisi kenties tulla joku maininta asiasta. Tosin päiväperhoset ovat helppo ryhmä muistaa ja tarkistaa ja toivottavasti muissa ei tällaisia ole.

Nuo lienevät lajeja, joiden kohdalla on päädytty siihen, että tarkkoja havaintopaikkoja on syytä sensuroida hieman. Listauksen pitäisi kyllä osata näyttää havaitsijalle itselleen kaikki se data, mitä hän on syöttänyt, mutta ehkä kehittäjät ovat oikaisseet hieman tässä ja riskilajien data sensuroidaan kaikilta tällä hetkellä, myös sen syöttäneiltä joissain hakutuloksissa. Jos näin on, se vaatii korjausta. Esko Piirainen?

Rauhallista joulunaikaa kaikille ja perhosrikasta vuotta 2019.

Hyvää alkanutta vuotta (ja muutenkin hyvää) sinulle tai kaikille muillekin!

5

Hei kiitos! Täytyypä jossain vaiheessa yrittää kokeilla vinkkejäsi.

6

Kiitos havaintoerän tunnisteesta. Katsoin tämän ja havainto on ilmoitettu nimellä “koivukääpäkoi”.

Mainitsemasi lajin Nemaxera betulinella http://tun.fi/MX.58757 kansankielinen nimi on kuitenkin laji.fi.ssä “pörrökääpäkoi”.

Nimeä “koivukääpäkoi” ei ole millekkään lajille, joten sillä ilmoitettu havainto se ei linkity mihinkään taksoniin taksonomiassa.

(“MX.58554 Stigmella luteella (Stainton, 1857)” on nimi “koivukääpiökoi”, mutta se ei taida tähän liittyä mitenkään).

Kun katsot havaintoerää (esim Submission | Finnish Biodiversity Information Facility), kaikki havainnot joissa ei ole ilmoitetun nimen perässä sinistä “lajikortti”-ikonia, eivät ole linkittyneet taksonomiaan. Myös kun syötät havaintoja Vihkossa, Vihko näyttää vihreällä tunnetut nimet.

apilapussikoi
isokääpäkoi
koivukääpäkoi
vaaleanunnakääriäinen
keltanunnakääriäinen

Jos tiedät lajien tietellisen nimen, mutta laji.fi suomenkielinen nimi on eri, kirjaa havainnot tieteellisellä nimellä

7

Hei,
täytyypä tutkia asiaa. En kuitenkaan ole itse keksinyt lajinimiä, niin että ehkä N. betulinella on jossain vaiheessa ollut koivukääpäkoi. Periaatteessahan Vihkon olisi pitänyt herjata syöttövaiheessa, jos se ei suomenkielistä nimeä tuntenut. Näin kävi joidenkin lajien kanssa ja sitten joutui tarkistamaan oikean nimen. Kolmiota ei myöskään näy nimen perässä. Mutta tutkaillaan.

8

Olen yleensä käynyt havaintoerissä sen muokkaa -tilan kautta, enkä ole sitä sinistä korttia aiemmin noteerannut. Nyt kun aloin käydä eriä läpi toista kautta, tuli heti vastaan taas pari lajia, joista ikoni puuttui. Kun sitten kävin katsomassa, kuinka lajimäärät ovat kenties muuttuneet, niin vuoden 2018 lajimäärä on pudonnut sellaisella 50 lajilla. Eli siis ne lajit, joiden suomenkieliset nimet ovat pikkuperhosten nimiuudistuksen myötä vaihtuneet, ovat pudonneet pois havainnoista.
Elikkä työ ei aivan heti lopu!:cry:

9

Minusta on hyvin ongemallista, että nimiä on menty muuttamaan ilman että vanhat nimet on pistetty edes vaihtoehtoiseksi nimeksi… (vaihtoehtoisen nimen perusteella havainnot edelleen voisi linkittää oikeaan taksoniin).

Otetaanpas asia puheeksi

10

Mikroperhosten suomenkielinen nimistö päivittyi laajalti vuodenvaihteessa ja siitä tämä koko juttu on peräisin. Muutoksia on tehty vajaaseen 400 nimeen, joten pienestä muutoksesta ei ole kyse.

@EskoP Tässä päästään taas jo kerran käsiteltyyn aiheeseen: jos nimeä muutetaan tietokannassa, ja havainto on tallennettu vanhalla nimellä, sellaiset havainnot eivät linkity enää mihinkään taksoniin. Tämä on aika iso ongelma mielestäni. Voisiko tässä olla joku systeemi, jossa järjestelmä muodostaa tällaisista tarkastuslistan, josta käyttäjä saa kirjautuessaan tiedon, ja josta hän voisi tehdä linkitykset uudelleen? Ideaalitilanteessa siten, että oletuksena on linkitys siihen taksoniin, johon se ennen muutosta oli linkitetty ja käyttäjä voisi valita “hyväksy kaikki” tms? Vähän samaan tapaan kuin massatallennuksen tarkastusikkuna?

Vanhat nimet olisi tietysti pitänyt säilyttää sellaisina näkymättöminä synonyymeina, jotka kuitenkin linkittyvät oikeaan taksoniin…

Koskeehan tämä kuitenkin vain havaintoja, jotka on tallennettu suomenkielisen nimen perusteella? Valtaosa pidempään harrastaneista tallentaa kuitenkin havaintonsa tieteellisillä nimillä.

11

Koskee myös tieteellisiä nimiä, jos vaihtuvaa tieteellistä nimeä ei pistetä jonkin uuden taksonin synonyymiksi/tms.

12

Tähän on kyllä todettava, että olisi ehdottomasti kiellettävä nimien muuttaminen ilman entisten linkittämistä mukaan! Jälkikäteen on erittäin vaikeaa - ellei mahdotonta - muokata nimiä, etenkin jos nimen muuttumisesta tai puuttumisesta ei tule edes ilmoitusta. Näin varsinkin, jos puhutaan vähänkin suuremmasta havaintomäärästä. Nimiluetteloiden jatkuva seuraaminen ei ole käytännön vaihtoehto.

1 tykkäys
13

Tarkoitin, että jos olen tallentanut havainnon tieteellisellä nimellä, mutta joku muuttaa taksonin suomenkielistä nimeä, niin eikös tällöin linkitys säily? Siis juuri tässä nimenomaisessa tapauksessa?

14

Suomenkielisen nimen muuttaminen ei vaikuta tieteellisellä ilmoitettuhin.

Sain vastauksen Marko Mutaselta, että ottaa vanhatkin nimet mukaan soveltuvissa osin. (Jotkut nimet ovat vaihtaneet päittäin paikkaa, jolloin vanhaa nimeä ei voi pistää toiselle)… on tosin sitten epäselvää mitä oikeen on tarkoitettu silloin kun ko. nimellä on havaintoa ilmoitettu.

1 tykkäys
15

Hyönteistietokanta toimi tieteellisin nimin. Vihko on lähtenyt harrastajaystävällisemmältä pohjalta, kun hyväksyy molemmat nimet. PIdän tätä ehdottoman hyvänä asiana, vaikka ei oleellista itselle olekaan. Nyt kun syksyllä mietti, että tallentaako ylipäätään mitään kesäkuun alusta lähtien, niin omat päiväkohtaiset seurantataulukot olivat suomen kielellä ja oli tietysti helpompi silloin valita suomi. Ensi vuosi voi tietysti olla taas eri asia. - Harjoitus tekee mestarin!:wink:

16

Tullaan taas siihen kysymykseen, että miksi tallennettua havaintoa ei voisi linkittää MX-koodiin, jotta linkitys ei katoaisi, vaikka nimet muuttuisivat, kunhan taksoni pysyy samana?

Jos esim. joku laji splitataan kahdeksi lajiksi, siitä tehdään käsittääkseni kaksi uutta MX-koodia eli taksonia, ja kaikki aiemmin ilmoitetut jäävät epätarkkuusperiaatteen mukaisesti sen MX-koodin alle, joka sisältää mahdollisuuden molempaan lajiin, eikö totta? Tällöin esim. genitaali- tai DNA-määrityksen vaativat uudet lajit tulisi erikseen korjata vasta sitten, kun ko. määritys yksilöistä on tehty.

Ja jos jotkut lajit lumpataan, niistä tulee taas toisen taksonin alaisia, jolloin ne näkyvät ko. lajina, vaikka sen alataksonina olisivatkin, eikö totta?

Eli jos taksoniin tulee muutoksia esim. nimiin, ne linkittyisivät automaattisesti havaintoihin, mutta jos muodostetaan uusia taksoneita, ne tulisi linkittää itse havaintoihin, jos on todettavissa, että kyse on juuri jostain tietystä taksonista.

Ideaalitilanteessa jokaisesta muutoksesta taksoneihin (esim. relaatioin) voisi tuottaa automaattisen ilmoituksen havaintoja tallentaneille, jotta he voisivat itse varmistaa, tarvitseeko niihin tehdä muutoksia. Esim. kuvitteellinen tilanne: “Olet tallentanut seuraavat havainnot taksonilla MX.58523, Eriocrania semipurpurella. Taksoni on nyt jaettu useampaan lajitason alataksoniin. Haluatko tehdä muutoksia havaintoihin?” tms.

Tai minimissään hakukriteeri, jolla jokainen voisi automaattisesti hakea omat tallennukset, jotka eivät linkity mihinkään taksoniin, ja mieluiten ilmoitus aina omaan profiiliin, kun luku kasvaa.

Eli mitkä ovat perusteet sille, ettei linkitystä voisi nykytilanteessa tehdä?

1 tykkäys
17

Kysymys siitä, miksi tallennettua havaintoa ei voisi linkittää MX-koodiin, on hyvä ja aiheellinen, ja yritän lyhyesti vastata siihen tässä.

Suurimmassa osassa havaintoja ja kokoelmanäytteitä lajimääritys on tehty puhtaasti (tieteellisen tai suomen-/ruotsinkielisen) nimen perusteella. Tämä on perinteinen tapa ja käytössä valtaosassa tieteellisiä kokoelmia ja havaintotietokantoja. Tiedon myöhempi käyttäjä joutuu sitten miettimään, mitä milläkin nimellä eri tilanteissa on tarkoitettu.

Lajitietokeskuksen lajiluettelossa käytettävät MX-koodit on tarkoitettu kuvaamaan tieteellisiin nimiin liittyviä taksonirajauksia ja niiden muutoksia. Oikein käytettyinä MX-koodit ovat täsmällisin tapa kertoa, mitä lajia tai muuta taksonia määrityksessä on tarkoitettu.

Syy siihen, että MX-koodeja ei vielä ole laajamittaisesti käytetty näyte- ja havaintoaineistojen kirjauksessa Vihkossa ja Kotka-kokoelmatietokannassa on se, että Lajitietokeskuksen kansallinen lajiluettelo on ollut keskeneräinen. Vasta tänä vuonna pääsemme täysmittaisesti hyödyntämään ajan tasalla olevaa taksonomiaa useimmissa eliöryhmissä. Jatkossakin lajiluettelon ylläpito vaatii asiantuntijoilta erityistä huolellisuutta, jotta nimien ja MX-koodien muutokset kuvastavat todellisia muutoksia taksonikäsitteissä.

Ensimmäiset Vihkon lomakkeet, joissa MX-koodit todella tallentuvat havaintojen yhteyteen, ovat päiväperhosseurannan NAFI-lomake ja talvilintulaskennan havaintolomake. Niissä molemmissa on ennalta määritetty lajiluettelo, joissa lajinimiä käytetään Lajitietokeskuksen lajiluettelon mukaisessa merkityksessä. Näilläkin lomakkeilla lisälajit kirjataan puhtaina niminä ilman MX-koodia.

Vihkon yleislomakkeillakin on tämän vuoden aikana mahdollista ottaa käyttöön havaintojen kirjaaminen MX-koodien avulla. En ole itse vastuussa Vihkon kehittämisestä, joten en voi luvata asiasta mitään varmaa.

Periaatteessa MX-koodien käyttö voisi toimia seuraavasti:

  1. Käyttäjä avaa Vihko-lomakkeen, jolloin lajiluetteloa ei ole valittu.

  2. Jos käyttäjä kirjaa havaintoon lajinimen valitsematta lajiluetteloa, tulkinta tehdään tietovarastossa puhtaan nimen perusteella.

  3. Käyttäjä valitsee lajiluettelon, jossa tässä hetkellä on vain yksi vaihtoehto

  4. Kun käyttäjä tämän jälkeen kirjaa havainnon, sallittuja nimiä ovat vain lajiluettelossa mainitut tieteelliset tai yleiskieliset nimet. Lajiluettelon valinnalla käyttäjä vakuuttaa käyttävänsä nimiä lajiluettelon mukaisessa merkityksessä. Havainnon yhteyteen tallennetaan käytetyn nimen lisäksi taksonin MX-koodi.

  5. Kun havainto puretaan tietovarastoon, tulkinta tehdään pelkästään MX-koodin perusteella. Jos havainnossa käytetty MX-koodi ei ole enää aktiivinen (laji on esim. splitattu tai lumpattu), havainto kytketään lähimpään aktiiviseen taksoniin, johon se voidaan liittää.

Näin toteutettu toiminnallisuus luonnollisesti vaatisi käyttäjältä, että hän on perehtynyt järjestelmän toimintalogiikkaan perustasoa syvemmin. Luultavasti ainakin ammattilaiset ja edistyneet harrastajat tähän pystyisivät.

Luettelon omissa havainnoissa käytetyistä nimistä, jotka eivät tietovarastossa linkity mihinkään taksoniin, on itse asiassa mahdollista hakea jo nyt Suomen havaintojen osalta seuraavasti:

  1. Valitse Selaa havaintoja > Suomen havainnot (beta)

  2. Rastita hakuehdoissa kohdassa Omat havainnot molemmat vaihtoehdot

  3. Valitse taulukon otsikon oikean reunan rattaasta näytettäviksi sarakkeet 1. Alkuperäinen nimi ja 2. Tieteellinen nimi

  4. Lajittele taulukko otsikkoa klikkamalla tieteellisen nimen mukaan laskevaan järjestykseen. Jos havainnoissasi on linkittymättömiä nimiä, näet ne riveinä, joissa Tieteellinen nimi -sarake on tyhjä. Nimiä klikkaamalla pääset alkuperäisiin havaintoeriin, joissa nimiä on käytetty.

18

Kiitos kattavasta selvityksestä, Tapani.

En ehkä aivan ymmärrä kansallisen lajiluettelon valinnan merkitystä. Jos kanta sisältää jo tiedon siitä, mitkä lajit kuuluvat lajistoomme ja mitkä eivät, miksi niiden kirjaamiseksi tulisi erikseen valita joku erikseen muodostettu lajiluettelo?

Kohdasta 5 mietityttää lähinnä tuo automaattinen kytkentä lähimpään aktiiviseen taksoniin. Voidaanko automatisointi todella tehdä? Voidaanko luottaa siihen, että järjestelmä tietää käyttäjää paremmin, mihin havainto kuuluu tai ei kuulu yhdistää? Itse suhtaudun moiseen skeptisesti. Joskin sen voi kyllä toteuttaa, kunhan viimeinen tarkistus jää käyttäjälle ja siitä informoidaan selkeästi.

Jos nyt vaikka todetaan, että kaikki yökköslajiparin Diachrysia chrysitis/stenochrysis havainnot voivat olla kumpaa tahansa, kun ulkoisissa tuntomerkeissä ja genitaaleissa ei ole eroja, niin ei niitä havaintoja voida jakaa kumpaankaan “uuteen” lajiin, vaan tulisi joko muodostaa kauttalaji, jolle havainnot linkitetään tai muutoin tulisi olla “chrysitis ennen vuotta 2019” ja “stenochrysis ennen vuotta 2019” sekä samat lajit muodossa “…2019 lähtien”. Mutta mistä järjestelmä tietää, mihin ne kuuluvat, jos joukossa onkin vaikka joku DNA:n tai feromonin perusteella oikein määritetty yksilö?

Toinen esimerkki: uudehkon tutkimuksen mukaan pyjamalude (Graphosoma lineatum) ei olekaan Euroopassa G. lineatum, vaan G. italicum. Ja ainoastaan Sardiniassa ja Sisiliassa sekä Pohjois-Afrikassa tavataan lajia lineatum. Eli Suomessa pyjamalude-nimellä tehdyt havainnot tulisi muutoksen jälkeen linkittää nimeen G. italicum, samoin Suomesta G. lineatum-nimellä ilmoitetut havainnot tulisi linkittää lajiin G. italicum. Mutta Tunisiassa havaittu lineatum saa edelleen olla lineatum. Miten automatiikka hallitsisi tällaisen tilanteen?

Kiitos ohjeesta linkittämättömien tarkastamiseen. Pitääpä kokeilla. Ei se silti kovin käyttäjäystävällinen tapa ole… :wink:

19

Lisätty työlistalle, että Hae havaintoja osioon tulee rajaukset:

  • havainnot joille ei ole taksonilinkitystä
  • on taksonilinkitys mutta vain lajia ylempään taksoniin
  • on lajitason taksonilinkitys

Olisko käyttöä myös rajaukselle jolla saisi havainnot joissa on lajitason taksonilinkitys, mutta alkup ilmoitettu nimi ei täsmää nyt linkitetyn lajin hyväksytyn tieteellisen nimen kanssa? Tämä luonnollisesti toimisi vain tieteellisellä nimellä ilmoitetuille havainnoille ja kaikki muutkin tulisivat listaukseen mukaan “syyttä suotta”

20

Taksoneiden tunnisteiden käyttö vaatisi myös vielä hiukan lisää koulutusta ja taksonomian muokkaukseen käytetyt työkalun parannuksia, että vältettäisiin virheiden tekeminen. Nyt se on kovin helppoa…

Esim: jos laji A splitataan lajeiksi B ja C:

Oikea tapa on muuttaa A:n taksonominen taso ryhmäksi(tms) ja muokata tieteelliseksi nimeksi “Subsub suppup -ryhmä” (tms.). A:n lapsiksi lisätään uudet taksonit B ja C (uudet tunnisteet).
Tällöin voi olla että B tai C saa täsmälleen saman tieteellisen nimen kuin A:lla aiemmin oli.

Näin tunnisteet pysyvät oikein → kaikki mikä ennen oli ilmoitettu A:n id:llä ovat nyt ryhmän havaintoja.

JOS kuitenkin (ja tämä on aika helppo virhe tehdä) taksonomian muokaaja tekee väärin ja lisää uudet taksonit B, C niin, että B:stä tulee ryhmä ja A siiretään ryhmän B alle, A:n tunnisteella ilmoitetut havainnot menevät vihreellisesti ryhmän sijasta nyt täsmällisemmin määritetylle taksonille.

(Henk koht olen hiukan skeptinen sen suhteen, että täydellistä luetteloa kaikista ihmisten maailmanhistorian taksonomiavirheistä voidaan pitää kirjaa tai on mielekästä pitää kirjaa; lopputulos olisi melkoinen sekasotku.)

–

Jatkossa käyttäjä voi spesifisesti käyttämällä lajiluetteloa (kuten Tapani mainitsi) määritellä, että haluaa nimenomaan tehdä A, B, C -splittauksen tapauksesa havainnon B:stä ryhmän A sijasta.

Sen sijaan puhtaalla nimellä (B:n nimi) ilmoitetut havainnot edelleen menevät taksonille A (eli ryhmälle). ← tätä ei ole edes vielä teknisesti toteutettu, mutta kyse ei ole kovin vaikeasta asiasta