Laji.fi kehityskatsaus

Laji.fi:stä julkaistin eilen uusi versio. Täällä kerrotaan uudistuksista ja muista asioista, joita Lajitietokeskus on kehittänyt kesän aikana:

Laji.fi ja Vihko osalta tehtiin pieniä bugi- ym. korjauksia, sekä on luotu uusia “täydelliset listat” projektin lomakkeita.

Esko / Lajitietokeskus

Näkyy tuo taksonien lisäys gbif - pohjalta tai muuten tippuneen listoilta. Liekö siis haudattu kehityskohde? Minusta se olisi ehkä tärkein yksittäinen kehityskohde koska nyt laji.fin listat esim. limasienissä taikka kotelosienissä taantuvat koko ajan lisää käyttökelpoisuuden osalta. Puuttuvien lajien osuus kasvaa koko ajan. Samaten laji.fin käyttö omana havaintokirjanpitona menee aika hankalaksi kun merkittävä osa lajeista puuttuu taksonipuusta. Esim. limasienissä puhutaan jo kymmenistä prosenteista.

Onkohan jotain hyviä syitä miksi tätä asiaa ei edistetä. Muistan varmaan jo 5 vuoden takaa kun tuo oli työlistalla jo parin viikon kuluttua. Muissa vastaavissa järjestelmissä, kuten vaikkapa iNatissa taikka artrfaktassa ei mielestäni ole mitään tällaista ongelmaa.

Varmaan lähelle 100% kaikista ei-taksoni kirjauksista menee jo valmiiseen taksonipuuhun ja löytyvät esim. gbifistä. Olisi varmaan aika helppoa tietoteknisesti hakea automaattisesti puuttuva laji gbifistä ja luoda siitä taksoni. Sen status olisi sitten oletusarvoisesti “ilmoitettu Suomesta + suomilaji = ei” jolloin lajien lisääminen virallisiin suomilistoihin olisi tästä taksoniluonnista täysin riippumaton asia. Kyse ei ole siis siitä että lajeja pitäisi hyväksyä suomilajeiksi vaan siitä että havainnot saisi listattua taksonomisesti havaintokirjausten pohjalta. Onhan siellä sienipuolella nytkin kaikki artfaktan ei-suomi taksonit mukana ei-suomi lajeina. Ilman taksoneita vaikkapa limasienissä on todella hankalaa kun iso osa lajeista puuttuu ja erilaiset listaukset ja oman havaintokirjan ylläpito ovat sitten aika vaikeita. Itseäni myös kiinnostaisi todella paljon ilmoitukset uusista lajeista mutta nyt niitä ei voi mitenkään järkevästi löytää taikka seurata kun ovat löydettävissä vain erilaisilla hankalilla merkkijonohakukikkailuilla. Kun taksonit puuttuu on pakko pitää erikseen omia listoja mikä on paluuta aikaan ennen laji.fitä.

Mielestäni tämä asia on ollut luvattuna kehityskohteena jo todella pitkään. Onkohan jotain perustetta taikka syytä jota en vain ymmärrä miksi se on nyt tiputettu kokonaan pois työlistalta?

1 Like

Tunnistamattomien nimien dynaaminen (joka yö tapahtuva) linkitys GBIF:n taksonomiaan on edelleen tunnistettu yhdeksi tärkeimistä kehityskohteista, eikä sitä ole tiputettu pois. Se ei vain ole tällä hetkellä aktiivisesti työn alla, joten se ei esiinny luettelossa.

Tällä hetkellä olemme priorisoineet kaikista korkeimmalle viranomaisten datankäytön parantamisen ja datan saamisen laajemmin käyttöön metsäsektorin luonnonsuojelutoimissa. (Työlistalla kohdat Havaintohaun kartta; Lajitiedon jakaminen metsätoimijoille; datan jakamiseen/keräämiseen liittyvät kohdat; Sensitiivisten lajien salausperusteiden päivittäminen).

Lisäksi työn alla on rahoitusta saaneiden hankkeiden asioita. Ne ovat väistämättä etusijalla, koska rahoitusta saaneiden projektien velvoitteet meidän totta kai tulee täyttää kunnialla.

GBIF-taksonomialinkitys ei ole niin helppoa. GBIF-backbone ei ole yksi yhtenäinen kokonaisuus, vaan kokoelma monia rinnakkaisia luetteloja. Osin luettelot ovat keskenään ristiriitaisia; esim saman suvun eri lajit voivat löytyä toisesta mutta ei toisesta, ja niiden ylempi taksonomia vaihtelee, jolloin dynaamisesti luodusta ylemmästä taksonomiasta ei tule yhtenevä. Nämä ovat kuitenkin ratkeavia ongelmia (tai hyväksyttäviä ongelmia). Kokonaisuutena dynaaminen linkittäminen ei ole valitettavasti niin pikku juttu. Se vaatii muutoksia:

  • Laji.fi käyttäliittymään (ei-Lajitietokeskuksen-lajiluettelosta tulevien taksoneiden merkitseminen kaikissa paikoissa, joissa taksonilinkityksiä/nimiä esitetään)
  • Lajinimihakuun (yhdistelmä Lajitietokeskuksen taksoneiden ja juuri sillä hetkellä käytössä olevien dynaamisten taksonien nimiä)
  • Taksonomian selaamiseen/rajapintaan (lajikorttien taksonomiapuu jne) → luodaan yhdistelmä Lajitietokeskuksen ja tuntemattomien nimien selvityksen yhteydessä selvitettyistä taksonomioista
  • Havaintojen hakumoottoriin (ladataan nykyisen Lajiluettelon sijasta edellä mainittu yhdistelmä ja käytetään sitä havaintojen linkitykseen)

Samassa yhteydessä on tarkoitus uudistaa kokonaisuudessaan nimien linkityslogiikkaa, joka alkaa tällä hetkellä olla jo melko käsittämätön kaikkine pienine yksityiskohtineen. Tässä yhteydessä konkreettinen parannus tulee olemaan esimerkiksi se, että jos nimi esiintyy kahdesti taksonomiassa (esim sama suvun nimi kasville ja eläimelle) käytetään hyväksi sen aineiston tietoja, johon havainto kuuluu → Jos aineistossa on pääasiassa ilmoitettu kasveja, linkitetään kasvisukuun. (Tällä hetkellä ristiriitaisia nimiä ei linkitetä lainkaan)

Esko / Lajitietokeskus

1 Like

Kuinkahan päällekkäisten havaintojen välillä voi hyppiä? Jotkin “havaintotäpeistä” on täydellisesti päällekkäin, enkä ole keksinyt kuinka alempiin pääsee käsiksi.

Se on juurikin kehityskohteena

“Laatikoita” klikkaamalla (tai lähemmäksi zoomaamalla) lähekkäiset pisteet avautuvat erillisiksi pisteiksi.
Tässä on kuitenkin vielä joitakin ongelmia läpinäkyvyyden kanssa. Saadaan toivottavasti seuraavassa päivityksessä käyttöön.

Tällä hetkellä voit piirtää rajauksen lähekkäin olevien pisteiden ympärille ja selata niitä luettelo -välilehdellä… Ei kovin helppoa

Esko / Lajitietokeskus

Tuo tunnistamattomien nimien dynaaminen linkitys GBIF:n taksonomiaan on toinen juttu. Se kuulostaa aika massiiviselta projektilta. Itse kirjoitin vain uusien taksonien lisäämisestä laji.fin omiin taksoniluetteloihin. Mutta hienoa että asia on edelleen jossain muodossa vireillä ja kiitos vastauksesta.

Lähentäminen ei auta, jos täpät ovat täydellisesti samassa kohtaa ja näin tapahtuu usein esimerkiksi kun kartoittajat lisäävät esim. saman alueen eri lajilistat samoilla koordinaateilla.

Havainnon/havaintoerän klikkaaminen ei ainakaan minulla tee muuta, kuin valitsee päällimmäisen havainnon. Olen yrittänyt klikkailla täpän reunoja ja päällä olevaa nuolta, mutta ei vaan aukea. Joskus on saattanut käydä niin, että rinkulat ovat minimaalisesti erillään jolloin alempiin havaintoihin on yhtäkkiä päässytkin käsiksi.

En ole tietoinen rajauksen piirtämistoiminnosta, enkä ainakaan pikakatselulla löytänyt mistään sellaista toimintoa. Tämmöiset toiminnallisuudet voisivat olla hiiren oikeanpuoleisen painikkeen takana.

Yleensä ottaen tuntuu, että jokaisen muutoksen jälkeen sivuston käytettävyys heikkenee.

Rajaustyökalu löytyy oikealta hakurajauksista kohdan “Paikka” alta
image

Saamme säännöllisesti palautetta Laji.fi-portaalista ja muista palveluistamme, ja niitä kehitetään paljon tämän perusteella. Aiemmin havaintojen klusteroinnista tuli säännöllisesti negatiivista palautetta: sen koettiin vääristävän havaintojen sijainteja ja haittaavan niiden käyttämistä. Klusteroinnin ja havaintomäärän visualisoinnin tilalle toivottiin muita visualisointeja (tarkkuus, luotettavuus, uhanalaisuus jne.), jotka toteuttetiin jokin aika sitten. Klusteroinnin puute on kuitenkin ongelma myös itsessään, joten se tuodaan takaisin, samalla pitäen mahdollisuus visualisoida havaintojen eri ominaisuuksia.

Saamme jatkuvasti pyyntöjä ja toiveita uusien ominaisuuksien lisäämiseksi, samalla kun palveluita toivotaan yksinkertaistettavan. Yleisin palautetyyppi lienee, että jotakin välttämätöntä puuttuu. Yksinkertaisuus/helppokäyttöisyys ja monipuolisuus sopivat valitettavan usein huonosti yhteen.

Mikko / Lajitietokeskus

Tämän seikan korjaaminen on siis kehityskohteena. Kuvakaappaukset olivat kehitysversiosta, jossa läheiset pisteet piiretään “laatiikkon” jota klikkaamalla ne avautuvat erillisiksi.

Kokeilin piirtämistä kohtaan, jossa on päällä kahdeksan lajin havainto ja sen takaa kuultaa ilmeisesti 15 lajin havainto. Kun rajaan sen “piirrä suorakulmio”-työkalulla ja painan hae -nappulaa, havaintotäpät häviävät rajatun alueen ulkoa ja sisältä mutta lajilistassa näkyy edelleen vain päällimmäisen havainnon lajit. Vasemman yläkulman hakuanimaation pallukat jäävät pyörimään, joten haku ilmeisesti ei etene loppuun asti.

Vai teenkö jotain väärin? Onko selaimilla väliä? Tällä hetkellä on läppärillä chrome käytössä.